Sekvensering er ikke nytt. Det refererer til prosessen med å lese av rekkefølgen til «bokstavene», eller nukleotidene, fra et DNA- eller RNA-molekyl. I flere tiår var standardprosessen for sekvensering Sanger-sekvensering, der individuelle tråder leses én bokstav av gangen. Dette er presist, men langsomt og dyrt. Nå blir denne velprøvde metoden gradvis erstattet av NGS-metoder.
Det som skiller NGS fra tidligere teknologier er hastigheten den produserer data i. I stedet for å lese av én sekvens om gangen, produserer NGS-sekvensering millioner av sekvenser i samme eksperiment.
For å sette dette i perspektivet kan vi se tilbake på arbeid som som ble utført i 1995 av forskere ved Institute of Genomic Research (TIGR), nå J. Craig Venter Institute. På den tiden fullførte de det første utkastet til genomsekvens av en bakterie (Hemofilus influensa). Dette ble gjort ved hjelp av en protokoll som krevde Sanger-sekvensering av hele genomet, på 1,8 millioner basepar (bp), til denne organismen, ett stykke på 460 bp av gangen gangen. Dette var en monumental oppgave.
I dag kan de fleste mikrobiologiske laboratorier sekvensere, sette sammen og annotere utkast til flere bakteriegenomer på én uke ved hjelp av NGS.
Biologi i høyere oppløsning - https://ift.tt/rkELvhG
Read More
No comments:
Post a Comment